パッケージ配布先追加 

% sudo pear channel-discover pearified.com

インストール 

% sudo pear install pearified/Smarty

php.iniを編集 

% sudo vi /etc/php5/apache2/php.ini

; UNIX: "/path1:/path2"
;include_path = ".:/usr/share/php"

↓このようにコメントを外してパスを足した 

; UNIX: "/path1:/path2"
include_path = ".:/usr/share/php:/usr/share/php/smarty"

apache再起動 

% sudo /etc/init.d/apache2 restart

pearコマンドでSmartyやphpMyAdminをインストール:phpspot開発日誌
を見てやった。