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テンプレートファイルにCDATA書いたのに吐き出されたHTMLファイルでは消えてた。
index.tmpl

 
    <script type="text/javascript">
    < ![CDATA[
      swfobject.registerObject("swfobj", "9.0.0", "menu.swf");
    ]]>
    </script>
 

↓
index.html

 
    <script type="text/javascript">
 
      swfobject.registerObject("swfobj", "9.0.0", "menu.swf");
 
    </script>
 

追記(2008/10/17 14:04)--
render("html")と書いてたのを
render("xhtml")にしたら消えなかった。
がに変換されてたのも解消された。